ImmuHub®
机体体液免疫应答主要由B细胞介导,并可通过产生特异性抗体来应答抗原,对机体起重要保护作用。TI抗原和TD抗原均可诱导发生体液免疫,但TI抗原可直接诱导B细胞产生IgM抗体介导的免疫反应,无免疫记忆性,而TD抗原诱导的免疫反应应答需要Th细胞辅助。B细胞抗原受体(B cell receptor,BCR)是B细胞识别抗原的一种膜表面免疫球蛋白(SmIg),具有抗原结合特异性。当BCR与特异性抗原结合,产生B细胞活化第一信号,同时B细胞通过内化作用将BCR结合的抗原摄入胞内,对抗原进行加工处理,形成抗原肽-MHCⅡ类分子复合物并提呈给Th细胞,Th细胞活化后高表达CD40L并与B细胞膜上的CD40结合可提供B细胞活化的第二信号。活化的Th细胞可分泌细胞因子活化B细胞,活化的B细胞可分化为产生抗体的浆细胞。部分B细胞分化成记忆B细胞,当再次接触相同抗原后可迅速增殖分化成浆细胞,产生抗体,参加再次免疫应答。
由于B细胞与机体的免疫功能密切相关,例如发生自身免疫病、食物过敏、传染性疾病、B细胞淋巴白血病等其他血液癌症都会引起BCR多样性的变化。
BCR是由两条重链(H)和两条轻链(κ或λ)组成的四聚体,其中重链分为可变区(V区)、恒定区(C区)、跨膜区及胞质区;轻链则只有V区和C区。V区由3个互补决定区(CDR1、CDR2和CDR3)组成,CDR的氨基酸/基因组成和排列顺序呈现高度多样性,在同一个体内,这种多样性可达109~1012,构成容量巨大的BCR库。正是这种多样性的存在,正常机体几乎能够对入侵的所有异物产生免疫应答。
ImmuHub®的技术优势
更少实验误差,更全面准确的分析
• 基于 RNA 的分析检测,这样除去了内含子,避免了不必要的引物及消耗和结果误差,获得的数据是基于表达的(有功能的)T、B细胞受体;
• 单对引物(5'RACE)文库构建准确率高,测序数据与IMGT ® 数据库基因座匹配正确率可达97%-99.7%,并能扩增TCR和BCR的V-(D)-J 序列全长(包括 FR1-4 和 CDR1-3);
• 深度测序并使用世界领先生物信息学分析算法对数据进行处理,可进行下机数据全自动生信分析(无人值守)及纠错,纠正PCR和测序引入的错误,有更强的纠错能力和错配处理能力,更大程度的获得有效数据,挖掘测序获得的有效信息;
• 自主研发PCR反应体系稳定,接头序列连接效率高、目标基因扩增效率高;扩增灵敏度极高,RNA模板量最小化,最低可达10ng,为小或珍惜临床样本(如肿瘤病人骨髓或穿刺样本)获得测序可能性;
• BCR文库构建使用的优化引物可有效鉴别更多IGH链亚型,如IgA1, IgA2,IgG1, IgG2, IgG3, IgG4,IgE,IgM等;
• 相对多重PCR技术,可以完全避免引物偏好性。
提取样本 RNA
我们将从客户送来的样本里提取客户所需要的B细胞的 RNA,RNA 质量监控在样本备置中有着非常重要的作用,我们的每一步都会通过先进的设备,如 TapeStation (Agilent Technologies, Inc.),对 RNA 和 cDNA 进行质量监控。如果样本质量不好,我们不会进行下一步,我们会联系客户或者使用其他方法获得更好质量的样本。
cDNA 合成和文库构建
我们将从客户送来的样本里提取客户所需要的B细胞的 RNA,RNA 质量监控在样本备置中有着非常重要的作用,我们的每一步都会通过先进的设备,如 TapeStation (Agilent Technologies, Inc.),对 RNA 和 cDNA 进行质量监控。如果样本质量不好,我们不会进行下一步,我们会联系客户或者使用其他方法获得更好质量的样本。
基于UMB的超强纠错
在原始RNA模板扩增前加入UMB(Unique Molecular Barcode,独立分子条形码)进行文库构建,可对后续PCR反应或测序过程中的错误进行有效纠正,还原真实的数据,完全杜绝PCR错误和测序错误,从而提高准确率。 模拟无PCR化测序,还原PCR之前的真实分子数量。
高通量测序
我们可使用 NextSeq® (Illumina Inc.) 2 × 300 bp pair-end 方法来对 TcR 进行测序,保证 TcR 的全长序列都可获得。亦可使用NovaSeq® 以获得更大的通量和更便宜的价格。
数据分析
BCR 的测序数据将通过我们世界领先的生物信息学分析算法进行处理
ImmuHub®的测序服务步骤
服务流程:客户提供样本,通常为全血、骨髓、单个核细胞、分离后的B细胞、RNA/cDNA或者石蜡包埋的组织[FFPE],送达公司实验室后,实验室根据样本的情况,进行血液或骨髓的B细胞分离→ RNA 提取→ cDNA 合成→测序文库构建→第二代基因测序→生物信息学处理→数据分析和出图→临床信息分析(如下图)。 45个工作日后客户获得测序结果报告。
标准分析(免费)
1.CDR3克隆鉴定、计数、频率
2.克隆性指数和多样性指数
3.CDR3核酸序列长度
4.气泡图
5.V/D/J基因频率分布柱状图
6.V/D/J/基因频率分布饼状图
7.V-J基因片段组合circos图
8.V-J基因片段组合使用森林图
9.V-J基因片段组合使用热力图
10.克隆频率分类呈现蜗牛图
11.全长克隆序列分析
深度分析(收费)
1. V-J基因片段组合
(1)V-J基因组合频率差异分析
(2)显著性差异V-J基因组合箱线图
2. V/D/J基因片段使用频率
(1)V/D/J基因使用频率heatmap图
(2)V/J基因使用频率丰度差异分析
(3)显著性差异V/J基因的使用频率箱线图
(4)V/J克隆频率Tree-map图
3. 两个(或多个)样本共享克隆统计分级
(1)共享克隆和独有克隆的频率点状图
(2)共享克隆频率追踪图
(3)多样本间独有及共享克隆分布文氏图和多维venn图
4.Top克隆在多个样本中的追踪分析
(1)热力学追踪图
(2)多样本间的克隆追踪堆积图
5. 两个或多个样本、组间的克隆性变化、多样性指数比较
6.比较多组样本中每组样本相似度计算——统计各样本间的MOI值
7.样本间V-J使用情况主成分分析(PCA)
8.不同样本的Top N克隆分类频率分布图
9. 多个样本CDR3 Motif、Gliph分析
10. 各样本间CDR3序列Logo图
11. 多样本间的CDR3基因的Cytocape分析。
12.Top100克隆Levenshtein聚类图
13.CDR3 AA序列的理化特性的聚类分析
14. BCR特有分析
(1)B细胞同型转换频率组间箱线图
(2)体细胞超突变频率散点图
(3)抗体序列系统发育树分析
其他个性化分析依据需求难度收费
由客户明确提供需要的具体分析和图示以及附上参考文献。