ImmuHub®
文库构建和测序结果准确率高
测序数据和IMGT数据库比对匹配率可达97%-99.7%;可进行全自动生信分析(无人值守)及纠错,纠正PCR和测序引入的错误,有更强的纠错能力和错配处理能力,更大程度的获得有效数据,挖掘测序获得的有效信息。
以RNA作为测序模板
能有效的提取RNA并且提供基于RNA的分析检测,这样除去了内含子,提供的信息是基于表达的(有功能的)基因;也避免了用gDNA做模板时,因为引物与不相关的内含子的非特异识别从而增加 PCR 扩增时候的背景杂质,导致引物的不必要消耗和增加结果误差。
“单对”引物的扩增方法
相对多重PCR技术,这样可以减少扩增时候的误差,完全避免引物偏好性,能提供一个高精度的结果分析;还能有效的发现一些全新的外显子基因,使科研内容不仅仅局限于数据库里的已知基因。
基于UMB的超强纠错
每个样本检测中,在原始RNA模板扩增前加入1700万种UMB(Unique Molecular Barcode,独立分子条形码)进行文库构建,可对后续PCR反应或测序过程中的错误进行有效纠正,还原真实的数据,完全杜绝PCR错误和测序错误,从而提高准确率。 模拟无PCR化测序,还原PCR之前的真实分子数量
ImmuHub®工作流程
提取样本 RNA
我们将从客户送来的样本里提取客户所需要的T细胞亚型的 RNA,RNA 质量监控在样本备置中有着非常重要的作用,我们的每一步都会通过先进的设备,如 TapeStation (Agilent Technologies, Inc.),对 RNA 和 cDNA 进行质量监控。如果样本质量不好,我们不会进行下一步,我们会联系客户或者使用其他方法获得更好质量的样本。
cDNA 合成和基因扩增
我们将从客户送来的样本里提取客户所需要的T细胞亚型的 RNA,RNA 质量监控在样本备置中有着非常重要的作用,我们的每一步都会通过先进的设备,如 TapeStation (Agilent Technologies, Inc.),对 RNA 和 cDNA 进行质量监控。如果样本质量不好,我们不会进行下一步,我们会联系客户或者使用其他方法获得更好质量的样本。
基于UMB的超强纠错
每个样本检测中,在原始RNA模板扩增前加入1700万种UMB(Unique Molecular Barcode,独立分子条形码)进行文库构建,可对后续PCR反应或测序过程中的错误进行有效纠正,还原真实的数据,完全杜绝PCR错误和测序错误,从而提高准确率。 模拟无PCR化测序,还原PCR之前的真实分子数量。
高通量测序
我们可使用 MiSeq® (Illumina Inc.) 2 × 300 bp pair-end 方法来进行测序,保证基因的全长序列都可获得。亦可使用HiSeq® X10以获得更大的通量和更便宜的价格。
数据分析
测序数据将通过我们世界领先的生物信息学分析算法进行处理
服务流程:客户提供样本,通常为全血、骨髓、单个核细胞、分离后的T、B细胞、RNA/cDNA或者石蜡包埋的组织[FFPE],送达公司实验室后,实验室根据样本的情况,进行血液或骨髓的T/B细胞分离→ RNA 提取→ cDNA 合成→测序文库构建→第二代基因测序→生物信息学处理→数据分析和出图→临床信息分析(如下图)。 45个工作日后客户获得测序结果报告。
基本数据分析
- 种类数和FR1-4,CDR1-3 的序列
- V-(D)-J-C gene ID 信息
- 每一个 V-(D)-J 序列的组合信息
- 多样性指数的计算、克隆群比例
- 绘制V/J基因表达的2D、3D图
深度数据分析
状态的统计、总结、谱系等
- 计算样本的统计总结:序列读数、平均克隆种类大小,无功能克隆种类数等
- 计算样本每个V和J基因的使用率,绘制基于标准分数(z-Score)的热力图(heatmap)
- 计算CDR3克隆种类长度的高斯分布,绘制前N个最高表达CDR3克隆的谱系图
- 绘制V-J基因配对频率图、3D森林图
- 基于CDR3基因长度,计算和绘制V基因的分布图
样本多态性和克隆性评价
- 计算、比较样本间多样性和克隆性 (计算 Shannon、Simpson、Berger-Parker指数)
- 绘制样本多态性、克隆性图谱
样本间克隆种类重合、共享分析 (overlap and sharing)
- 计算两个样本克隆种类的共享情况,追踪同一个病人治疗前后某个克隆种类变化
- 绘制两个样本间克隆种类配对比较图
我们也将按照客户的要求提供更多的分析和不同的数据报告形式,数据结果将以电子文档的形式传送给客户