标 题：液体活检中cfDNA的遗传图谱：B细胞淋巴瘤诊断和可测量残留病监测的补充工具 发表日期：2023年8月 发表期刊：Cancers 研究背景 研究方法 本研究纳入78名大B淋巴瘤（large B-cell lymphoma,LBCL）或滤泡淋巴瘤（follicular lymphoma,FL）患者，研究通过NGS对59个诊断时组织样本的gDNA和70个治疗前血浆样本的cfDNA，以及78名患者在不同时间点（治疗两个周期后、治疗结束时(EOT)、治疗后随访、或进展或复发时）的血浆样本进行测序分析，得到组织样本和血浆样本的突变率及PET/CT结果与LiqBio-MRD结果之间的相关性。 血浆样本(cfDNA)和组织样本(gDNA)基线基因分型 研究通过NGS测序技术分析了59个组织样本的gDNA以及70个血浆样本的cfDNA，结果发现gDNA样品突变率为95%，cfDNA样品突变率为71%。研究发现在73%(16/22)的血浆样本中识别到组织样本未识别到MRD的改变，结果表明组织活检中发现的突变数量是在血浆中发现的突变数量的两倍，可以监测到组织样本检测不到的MRD。 为了评估LBCL和FL之间的基因组差异，研究比较了在不同病理亚型中发现的体细胞突变。LBCL组织和血液样本中最常发生突变的基因是:KMT2D、TP53、MYD88、CARD11、CREBBP、BCL2。特别是CARD11和KMT2D在生发中心(germinal center,GC)表型中占主导地位，而MYD88、PIM1和CD79B在非GC表型中占主导地位，在FL中，最常见的突变基因是KMT2D、CREBBP、BCL2和EZH2。结果发现LBCL配对血液和组织样本中鉴定的体细胞突变VAF的相关性高于FL。
研究结果还确定了56个与淋巴瘤发生相关的基因，从而确定了B细胞淋巴瘤在诊断时的突变谱 PET/CT与LiqBio-MRD的相关性 78名患者中有36例同时有PET/CT和cfDNA样本，研究团队根据PET/CT结果，将这36名患者分为两组:(1)阴性组，包括完全缓解的患者 (2)阳性组，包括部分代谢反应患者和进行性疾病患者。结果发现PET/CT和LiqBio-MRD的一致性达到83%，只有6例样本出现不一致结果，其中4例患者PET/CT阳性，LiqBio-MRD阴性；2例PET/CT阴性、LiqBio-MRD阳性。研究发现这些病例有两个共同的特点:(1)由于TP53突变，他们的LiqBio-MRD呈阳性(2)他们在淋巴瘤诊断之前或之后都有上皮癌的病史。从结果来看，LiqBio-MRD的敏感性较PET/CT低，但特异性较PET/CT高。
1 血浆cfDNA与组织样本联合使用优于单使用组织样本：研究通过对血浆的cfDNA和组织样本的gDNA进行测序，证明了尽管在组织活检中发现的突变数量是在血浆中发现的突变数量的两倍，但体液活检中血浆cfDNA可以识别组织活检中可能检测不到的突变，因此，血浆cfDNA不能替代组织活检，但在诊断时可作为BCL基因分型的补充来源。 2 LiqBio-MRD与PET/CT方法相比：发现LiqBio-MRD的敏感性较低，但特异性较高。在EOT反应评估和随访中结合这两种技术将更准确地了解患者的实际情况，并有利于患者未来的缓解。 3 该研究着重分析体液活检血浆中cfDNA-MRD结果，缺少对TCR/BCR的研究。TCR和IG基因家族的单克隆重排是淋巴瘤细胞群的重要特征，IG 和 TCR 基因重排作为检测淋巴细胞克隆性增生的金标准，目前国内外多个研究结果和淋巴瘤诊断指南肯定了NGS IG/TCR 克隆性检测和MRD监测的临床指导意义。艾沐蒽自主研发的Seq-MRD®基于免疫组（IG/TCR）NGS技术，结合生物信息学分析，可准确查找癌细胞克隆序列，高灵敏地追踪检测MRD水平，帮助B细胞淋巴瘤患者预测长期疗效、评估治疗效果、监测缓解状态以及检测早期复发。
参考文献：Figaredo G, Martín-Muñoz A, Barrio S, Parrilla L, Campos-Martín Y, Poza M, Rufián L, Algara P, De La Torre M, Jiménez Ubieto A, Martínez-López J, Casado LF, Mollejo M. Genetic Profiling of Cell-Free DNA in Liquid Biopsies: A Complementary Tool for the Diagnosis of B-Cell Lymphomas and the Surveillance of Measurable Residual Disease. Cancers (Basel). 2023 Aug 8;15(16):4022. doi: 10.3390/cancers15164022. PMID: 37627050; PMCID: PMC10452485.
发表相关文献 Seq-MRD®发表相关文献 1、Huang Y, Zhao H, Shao M, Zhou L, Li X, Wei G, Wu W, Cui J, Chang AH, Sun T, Hu Y, Huang H. Predictive value of next-generation sequencing-based minimal residual disease after CAR-T cell therapy. Bone Marrow Transplant. 2022 Jun 1. doi: 10.1038/s41409-022-01699-2. Epub ahead of print. PMID: 35650329.（点击链接可查看文章内容）
2、Chen H, Gu M, Liang J, Song H, Zhang J, Xu W, Zhao F, Shen D, Shen H, Liao C, Tang Y, Xu X. Minimal residual disease detection by next-generation sequencing of different immunoglobulin gene rearrangements in pediatric B-ALL. Nat Commun. 2023 Nov 17;14(1):7468. doi: 10.1038/s41467-023-43171-9. （点击链接可查看文章内容）
3、Min’er Gu,Yahong Xia, Jingying Zhang, Yongmin Tang, Weiqun Xu, Hua Song Xiaojun Xu. The effectiveness of blinatumomab in clearing measurable residual disease in pediatric B-cell acute lymphoblastic leukemia patients detected by next-generation sequencing. Cancer Med. 2023 Dec;12(24):21978-21984. doi:10.1002/cam4.6771.
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