免疫组库(ImmuneRepertoire,IR)指在任何指定的时间,某个个体循环系统中所有功能多样性的B淋巴细胞和T淋巴细胞的总和。T淋巴细胞和B淋巴细胞表面上都存在受体分子,分别称为T细胞受体(TCR)和B细胞受体(BCR),其与机体的免疫状态息息相关。
不同物种的免疫组基因测序 目前,人和小鼠的Ig和TR序列信息注释完全、引物设计成熟,免疫组库测序在人和小鼠物种中的引用十分广泛。 目前ImmuHub®可服务的物种除了人和小鼠,还包括兔、鸡、食蟹猴、大鼠、蝙蝠和猪。若遇其他物种样本,也可联系艾沐蒽进行研发评估。
RNA+5’Race建库方法 目前,艾沐蒽ImmuHub®免疫组文库构建平台可根据不同样本类型和研究需求为客户提供个性化的文库构建和测序模式,通常使用5’Race或多重PCR文库构建方法。 ▲ 图3. 建库方法优劣势比较 01 引入UMI技术,杜绝PCR扩增和测序错误 02 减少引物偏好性 多重PCR引物建库法因同时进行几十对引物的扩增,体系异常复杂,且多种引物扩增效率可能存在偏倚,难以等效扩增,即使再优化调整,也无法和单对引物的等效扩增相比。而5‘RACE单对引物建库因仅采用一对引物进行扩增,可有效减少PCR扩增偏好性。 03 可扩增出VDJ全长信息 5’Race单对引物建库法能够得到包含完整TCR/BCR,这意味着可以保留完整的V基因序列,即可以扩增VDJ全长序列。此种方法能够匹配多种不同测序模式,PE150/PE250/PE300均可。
▲ 图8. 5’RACE单对引物建库与多重PCR引物建库扩增区域 04 获得C区亚型信息 5’Race单对引物建库法根据C区设计引物,可得到C基因信息,如对BCR测序,还可得到IgH isotype信息,如IgA/M/G/D/E。
不同物种的免疫组测序可以为动物模型研究和动物传播人类疾病(如禽流感)相关疫苗研发提供重要生物信息。如对VDJC采取大片段原位替换人源抗体基因序列或删除部分C序列后的小鼠,艾沐蒽都能基于ImmuHub®技术实现个性化研发并获得全面VDJC信息,应用于全人单克隆抗体药物研发、 双/多特异性抗体药物研发、纳米抗体药物研发等多元化的新药研发。
参考文献:http://www.immuquad.com/publications/