免疫组测序可应用于实体肿瘤和血液肿瘤、自身免疫性疾病、传染病等多种免疫介导的相关疾病领域。近期我们分享了多篇TCR测序在肿瘤研究领域应用的文章，相信大家对该技术的应用方向已有了大致了解，今天我们分享一篇TCR测序应用于传染性疾病研究的文章，希望能帮助大家对免疫组测序有更广泛和深入的了解。
携带HIV病毒的人群（PLWHs）其免疫系统受到病毒的破坏，抵抗力低下，感染SARS-CoV-2病毒会加重其疾病严重程度和死亡风险，因此接种新冠疫苗对这些脆弱人群的保护至关重要。通过TCR测序探索疫苗接种后的免疫反应有助于提供新见解，为制定更有效的预防策略奠定基础。
受试者特征 2021年4月至8月期间共纳入15例男性PLWHs，至少接受了一年的抗逆转录病毒治疗（ART），实施了三次新冠疫苗注射。随访期间，患者的HIV病毒载量始终低于检测下限（20copies/mL），表明持续的病毒学抑制。 疫苗注射后HIV病毒储量增加 注射两针疫苗后，与基线0周相比，2周和12周的细胞相关（cell-associated，CA）HIV RNA和HIV DNA水平均明显增加（图1A、B）。这是HIV持久性的标志。
图1 疫苗注射后TCRβ库多样性增加 Shannon指数、Pielou均匀度指数和Hvj指数均显示了疫苗接种后外周TCRβ库多样性轻微增加（图2A-C），而克隆性在第二剂疫苗后显著降低（图2D）。
图2 VJ基因使用频率差异明显 不同时间点的VJ基因组合重组偏好性差异明显，接种前和接种后2周、12周，优势VJ基因组合主要为V20-1—J2。第三针疫苗接种后，优势组合转变为V5-1—J2（图3A-D）。不同的V（D）J基因重组对于抗原结合至关重要。
图3 overlap克隆型的追踪 通过追踪39个样本中检测到的所有独特克隆型在不同时间点的分布情况，从而说明在疫苗接种的不同阶段免疫库的变化。重叠克隆型的总比例从基线时的31.9%增加至接种后2周时的32.5%和12周的40.4%。追踪某些特定克隆型发现，有一些在接种后丰度增加，还有一些克隆丰度在接种后降低，说明这些高丰度克隆型之间存在潜在联系。（图4A-D）
图4 TRB簇的不同特点 为了鉴定TRB在疫苗接种中的潜在功能，作者根据既往文献中提到的GLIPH2方法鉴定出TOP30的TRB簇（图5A）。在接种后一些簇的比例高出2-3倍，另外还有一些新的簇出现（图5B）。这些TRB簇可能具有相似的抗原特异性。
图5 COVID-19特异性TCR克隆的宽度和深度增加 基于已公开的COVID-19特异性TCR克隆序列，作者进一步探索疫苗接种后的免疫反应。接种后COVID-19特异性TCR克隆的宽度（疾病相关的独特克隆型数量）和深度（疾病特异性克隆的累计频率）均明显增加（图6）。 鉴于SARS-CoV-2不断有新的病毒变异出现，扩大的T细胞宽度可能会起着关键作用。
图6 文献来源： Xiaorong Peng, Xueling Zhu, Xiang Liu, Ying Huang, Biao Zhu. Increase in HIV reservoir and T cell immune response after CoronaVac vaccination in people living with HIV. Heliyon. 26 April 2024.DOI:https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2024.e30394.
杭州艾沐蒽生物科技有限公司成立于2016年，是国际前沿的专注于免疫驱动医学技术的国家高新技术企业。创始人团队来自美国芝加哥大学，在2010年开始使用免疫组基因高通量测序技术开展各种疾病相关研究，于2016年通过自主研发，全国首家推出NGS-MRD血液肿瘤微小残留病（MRD）检测Seq-MRD®，并授权泛生子使用。同时，公司拥有Immun-Traq®肿瘤治疗伴随诊断、Immun-Cheq® |T细胞免疫测评以及ImmuHub®免疫组测序科研服务产品，并布局有基于AI机器学习算法的T-classifier®肿瘤早筛、单细胞测序、TCR-T和抗体发现等平台管线。目前为止发表了数十篇论文，其中包括：The New England Journal of Medicine(IF:158.5), Nature(IF:65), Signal Transduction and Targeted Therapy(IF:40), Cellular and Molecular Immunology(IF:24), Nature Communications (IF:17)等多篇高分杂志。公司构建几十项发明专利和软件著作权为核心的自主知识产权体系，为医院临床、生命科学研究、新药开发等提供解决方案和产品。艾沐蒽专注于通过解码适应性免疫系统来改变疾病的诊断和治疗，并致力于推进免疫驱动医学领域发展。