引言：
2021年6月17日，艾沐蒽助力李兰娟院士团队在The Journal of Gene Medicine 杂志发表题为”Profiling T cell receptor β-chain in responders after immunization with recombinant hepatitis B vaccine”的研究论文。研究使用艾沐蒽生物ImmuHub®免疫组NGS平台，深度解码乙肝疫苗对受试者T细胞受体（TCR）CDR3多样性和免疫学特性的影响，帮助了解T细胞对乙肝疫苗应答的机制，并有助于今后乙肝疫苗的优化设计。
摘要：
研究采用艾沐蒽生物ImmuHub®免疫组NGS平台和生物信息学分析方法，通过对6个乙肝疫苗接种后阳性应答者免疫组T细胞受体库（VPR组），和5个接种阴性应答者免疫组T细胞受体库（VNR组）建立比较组。分析TRBV、TRBJ和VJ基因的表达谱特征以及免疫多样性。结果显示，各样本的多样性等指数无显著差异。与VNR组相比，VPR组存在TRBV15、BJ2-3高表达；并且VPR组TRBV15/BJ2-5水平明显高于VNR组。另外，TRBV15/BJ2-5中CDR3的序列主要表达为“GGETQ”或“GETQ”。
背景：
T细胞不仅可以通过破坏乙肝病毒（HBV）感染的细胞来清除病毒，还参与乙肝疫苗受体产生乙肝表面抗体（HBsAb）的过程，以显性特异性TCR基因转导为基础的过继免疫治疗可成功应用于传染病的治疗和预防。目前，对乙型肝炎疫苗接种过程中T细胞帮助B细胞（浆细胞）产生HBsAb的机制尚不明确。TCR序列分析将有助于了解抗原特异性T细胞对乙肝疫苗的应答，发现与HBsAb相关的特异性T细胞克隆，从而了解T细胞对HBV疫苗应答的机制，并有助于设计和优化HBV疫苗。高通量测序（HTS）是研究免疫组库的重要手段，它可以在分子水平上分析TCR CDR3基因的重排特征、克隆类型和免疫谱。比较乙肝疫苗接种后有无产生HBsAb的受试者CDR3序列，可以揭示乙肝疫苗对受试者CDR3多样性和免疫学特性的影响。
结果：
T细胞的多样性
VPR和VNR之间特异性CDR3和CDR3的平均值均没有显著差异（图1A和1B）。此外，VPR组和VNR组的特异性CDR3/CDR3值相似（图1C），两组间无显著性差异。两组的Pielous/ Diversity（均一性和多样性）指数也无显著性差异（图1D）。
TCR克隆的相似性
使用克隆性指数（CI）来评估每个样本T细胞克隆，结果表明，两组间TCR序列克隆性无显著差异（图2A）。此外，评估了排序前100个TCR氨基酸（AA）序列的累积百分比（CF100）。与CI一样，也没有显著差异（图2B）。
CDR3长度分布
VPR组和VNR组CDR3核苷酸长度范围为正态分布（高斯分布），VNR组CDR3长度主要在36~45 bp之间，VPR组使用在45 bp的频率为最高，但VNR组使用42 bp CDR3的比例为最高，总序列长度减少了3个bp。（图3）
TRBV、TRBJ基因频率差异
对于TRBV家族，在VPR组和VNR组之间进行比较，有2个TRBV（BV15，BV27）具有显著性差异（图4A）。同样，两组之间有2个TRBJ（BJ1-4，BJ2-3）存在显著差异（图4B）。
V/J基因组合频率比较
通过IMGT数据库比较获得每个样本的所有V/J基因使用组合，并比较两组之间的频率，与VNR组相比，VPR中有2个表达TRBV/J（TRBV15/J1-3，BV15/J2-5）的克隆显著增加（图5C）。
不同克隆表达水平分布的比较
本研究将V,J分为4个不同表达水平，分别为超表达克隆（SEC>1%）、亚高表达克隆（sHiEC，0.01%-1%）、中表达克隆（MEC，0.001%-0.01%）和低表达克隆（LEC，<0.001%）（包括计数为1的稀有克隆）。与VNR组相比，VPR组HEC、sHiEC、MEC的平均计数较低，但无显著性差异（图6A、6B、6C），而VPR组LEC的计数高于VNR组（图6D）。
总结与讨论：
本研究首先通过高通量测序（HTS）和生物信息学分析揭示了VPR和VNR受试者免疫组库的一些相似特征，发现两组受试者之间存在显著差异的TRBV15、BV27家族。VPR受试者中TRBV15和TRBJ2-3基因的表达高于VNR受试者，提示这两个基因与乙肝表面抗体的产生过程呈正相关，不过这一假设还需要在今后的研究中用更多的案例加以验证。RBV15/J2-5组合基因在VPR中的高表达主要表现为CDR3基序中的“GGETQ”或“GETQ”，这有助于阐明疫苗对重组乙肝病毒表面抗原（rHBsAg）有无应答的机制，并有助于今后乙肝疫苗的优化设计。
