免疫组库测序样本准备指南

艾沐蒽免疫组库测序能接收什么样本?


RNA,DNA,PBMC,分选的T、B细胞,全血,组织,微量分选新鲜细胞,FFPE……凡是能提取DNA或RNA的样本,艾沐蒽都能接收!

艾沐蒽免疫组库测序适用于什么物种?


艾沐蒽测序可以打破人源测序局限。除人源TCR(TRA/TRB/TRD/TRG)、人源BCR(IGH/IGK/IGL)的建库,还可进行小鼠TCR(TRA/TRB),小鼠BCR(IGH/IGK/IGL),蝙蝠TCR(TRA/TRB)蝙蝠BCR(IGH/IGL),兔BCR(IGH/IGK/IGL),鸡TRB鸡BCR(IGH/IGL),食蟹猴IGH,大鼠TRB,猪TRB的建库,为动物模型研究和动物传播人类疾病(如禽流感)相关疫苗研发提供重要生物信息。若遇其他种类样本,可联系艾沐蒽进行研发评估。
RNA样本


RNA体积≥15μL,浓度等其他要求如下:
来源于未经分选的细胞提取的RNA Conc.(ng/ul)≥80;1.9≤OD260/280≤2.1 合格
30≤Conc.(ng/ul)<80;1.8≤OD260/280≤1.9,2.1≤OD260/280≤2.2 风险
来源于分选的 T/B 细胞提取的 RNA Conc.(ng/ul)≥15;1.9≤OD260/280≤2.1 合格
8≤Conc.(ng/ul)<15;1.8≤OD260/280≤1.9,2.1≤OD260/280≤2.2 风险
注:RNA检测为风险或不合格的样本,也可视具体情况由客户选择是否尝试后续建库实验。
将RNA样本转移至洁净1.5mL EP管,-80℃保存,干冰运输
DNA样本


总DNA量≥1μg,样品纯度:OD260/280≈1.8,-20℃保存,干冰运输

组织及细胞中
DNA
Conc.(ng/ul)≥70;1.7≤OD260/280≤1.9 合格
10≤Conc.(ng/ul)<70;1.6≤OD260/280≤1.7,1.9≤OD260/280≤2.0 风险
石蜡包埋样本中的DNA Conc.(ng/ul)≥50;1.7≤OD260/280≤1.9 合格
20≤Conc.(ng/ul)<50;1.6≤OD260/280≤1.7,1.9≤OD260/280≤2.0 风险

注:DNA检测为风险或不合格的样本,也可视具体情况由客户选择是否尝试后续建库实验。

PBMC/分选的T、B细胞样本


提取PBMC,胞数量要求≥1×106个细胞。分选的T、B细胞,细胞数量要求2×105个。

送样方法:

  1. 将细胞保存于Trizol(适合RNA提取)或cell medium(适合DNA或RNA提取)中,-80℃保存,干冰运输寄送

  2. 将细胞放在RNAlater组织收集,即使用RNA稳定溶液RNAlater® Tissue Collection:RNA Stabilization Solution(详情见说明书),再运输寄送。

微量分选的新鲜细胞



体积>50ulpbs溶剂),细胞浓度>100/ul,细胞数量要求≥5×103个细胞。

送样方法:

运输过程中保持管子竖立状态,不要倒,确保细胞保存于液体中,另外,确保液体中只有PBS这一种溶剂,4度运输,并且在当天送达实验室。

全血样本



推荐使用6ml EDTA或ACD抗凝的采血管(一定不能使用肝素抗凝,肝素严重影响下游建库工作)收集外周血样品,需2管,共约10mL左右。新鲜全血样品冷藏运输(可使用冰袋)条件24h 内寄达,勿冻。

注:

  • 考虑每个病人血液中淋巴细胞数量不同,且 T 细胞含量不同,为确保样品 足量有效,故要求血样量不能低于5mL。

  • 全血样本尽量当天采集后寄出,最晚3-5天内需要处理

组织样本



新鲜手术或穿刺组织5mg以上。
送样方法:
  1. 迅速放入到液氮中(适合DNA RNA 提取),-80保存,干冰运输。
  2. 迅速放到RNAlater® Tissue Collection: RNA Stabilization SolutionCatalog Number AM7020, AM7021, AM7022, AM7023, AM7024)保存液(适合RNA 提取)中,冰袋运输即可。

FFPE



送样要求

5-10白片,常温运输

注:

FFPE只能提取DNA

其它类型及注意事项


  • 关于样本干冰寄送:干冰一般要求15kg左右

  • Bulk免疫组库测序不能区分细胞亚型,如CD8。如果需要检测某亚型T/B细胞,需客户进行分选后送样。若分选样本量少,建议分选样本后提取成DNA或RNA进行送样。

  • 如遇其他形式临床样本,请联系艾沐蒽对接项目经理沟通确认后再寄送。

关于艾沐蒽


杭州艾沐蒽生物科技有限公司由美国芝加哥大学科研团队回国创办,是一家专注于通过解码适应性免疫系统来改变疾病的诊断和治疗,并致力于推进免疫驱动医学领域发展的国家高新技术企业。艾沐蒽站在适应性免疫系统研究的最前沿,自主研发的免疫医学平台可揭示和翻译适应性免疫系统的遗传密码,并能应用于癌症、自身免疫性疾病、传染性疾病等免疫介导性疾病的诊断、监测和治疗中。



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